Jan Kiliński urodził się w 1760 roku, w Trzemesznie w Wielkopolsce, w rodzinie Augustyna, majstra murarskiego, i Marcjanny. Do Warszawy przybył w roku 1780
i osiem lat później uzyskał tytuł mistrza szewskiego. W tym samym roku, kilka miesięcy później poślubił Mariannę Rucińską. W latach 1792-1793 został wybrany radnym Warszawy.
Był członkiem Związku Rewolucyjnego. W dniach 17 (Wielki Czwartek) i 18 kwietnia 1794, w czasie insurekcji warszawskiej stanął na czele ludu. Po dwóch dniach walk z silnym garnizonem rosyjskim, dowodzonym przez Osipa Igelströma, oswobodzono stolicę. 19 kwietnia insurekcja przyłączyła się do powstania kościuszkowskiego i uznała Kościuszkę za Najwyższego Naczelnika Siły Zbrojnej Narodowej. Władzę przejęła Rada Zastępcza Tymczasowa, do której Kiliński został powołany przez króla jako jedyny przedstawiciel średniego mieszczaństwa. 28 czerwca 1794 roku Kiliński wysłał oddziały z Warszawy na front. 2 lipca 1794 został mianowany przez Kościuszkę pułkownikiem i upoważniony do wystawienia pułku piechoty i objęcia w nim nominalnego dowództwa (XX regiment).
Po upadku powstania uciekł do Poznania, gdzie został aresztowany przez Prusaków i wydany Rosji. Po wyjściu z więzienia w Twierdzy Pietropawłowskiej w Petersburgu w 1796, zamieszkał w Wilnie, gdzie brał udział w konspiracji za co został ponownie pojmany przez Rosjan i wywieziony w głąb Rosji. Po powrocie z niewoli nie angażował się w życie publiczne. Pisał pamiętniki (wyd. pośmiertnie w 2 tomach - 1830 i 1899). Został pochowany pod kościołem na warszawskich Powązkach, lecz jego mogiła została zniszczona w czasie przebudowy kościoła.
