Jan Kiliński urodził się w 1760 roku, w Trzemesznie w Wielkopolsce, w rodzinie Augustyna, majstra murarskiego, i Marcjanny. Do Warszawy przybył w roku 1780
i osiem lat później uzyskał tytuł mistrza szewskiego. W tym samym roku, kilka miesięcy później poślubił Mariannę Rucińską. W latach 1792-1793 został wybrany radnym Warszawy. Był członkiem Związku Rewolucyjnego.
W dniach 17 (Wielki Czwartek) i 18 kwietnia 1794, w czasie insurekcji warszawskiej stanął na czele ludu. Po 2 dniach walk z silnym garnizonem rosyjskim, dowodzonym przez Osipa Igelströma, oswobodzono stolicę. 19 kwietnia insurekcja przyłączyła się do powstania kościuszkowskiego i uznała Kościuszkę za Najwyższego Naczelnika Siły Zbrojnej Narodowej. Władzę przejęła Rada Zastępcza Tymczasowa, w skład której wszedł także Kiliński. Pełnił w niej funkcję radcy w Wydziale Skarbowym, Deputacji Indagnacyjnej i Paszportowej. Wkrótce został zastępcą radcy Rady Najwyższej Narodowej. 28 czerwca 1794 roku Kiliński wysłał oddziały z Warszawy na front. 2 lipca 1794 został mianowany przez Kościuszkępułkownikiem milicji mazowieckiej. Zorganizował 20 Regiment Pieszy Koronny, który bronił Warszawy przed oddziałami pruskimi. Pod koniec powstania (październik 1794) wysłany do Poznania, gdzie został pojmany przez Prusaków
i wydany Rosjanom.
W roku 1811 poślubił Anastazję Jasińską. Był 2-krotnie internowany, podczas okupacji austriackiej (1809) i rosyjskiej (1813). W Królestwie Polskim uzyskał emeryturę wojskową (pułkownikowską). Pisał pamiętniki (wydane pośmiertnie w 2 tomach – w latach: 1830 lub 1831 oraz 1899). Zmarł 28 stycznia roku 1819. Został pochowany pod kościołem na warszawskich Powązkach, lecz jego mogiła została zniszczona w czasie przebudowy kościoła.
